تحد محافظة قنا شمالاً محافظة سوهاج وجنوباً محافظة الأقصر، وشرقا محافظة البحر الأحمر ؛ وغربا محافظة الوادي الجديد. وتقع محافظة قنا بين دائرتي عرض 15- 26 شمالاً و8-26 جنوباً، وخطى طول 50-32 شرقاً و42-32 غرباً.

تبلغ المساحة الكلية لمحافظة قنا 9565كيلومتراً مربعاً، والمساحة المأهولة 1356.32 كيلومتراً مربعاً.

مناخ محافظة قنا قاري، أى شديد الحرارة صيفاً، وشديد البرودة شتاء، وهو جاف طوال العام ونادراً ما يسقط المطر في محافظة قنا. وقد تصل درجات الحرارة قي الشتاء إلى 6 درجات مئوية وفى الصيف إلى أكثر من 40 درجة مئوية. والرياح في قنا ـ في معظمها ـ شمالية شرقية. وتتعرض المحافظة أحياناً إلى السيول التي تنحدر إليها من مرتفعات البحر الاحمر.

يتوسط المحافظة نهر النيل الذي يساهم قي قيام النشاط الزراعي، كما توجد من جهة الشرق سلاسل جبال البحر الأحمر، وفى الغرب الصحراء الغربية. ونظراً لوجود الصخور الجرانيتية يغير النهر مجراه قي قنا مكونا ما يعرف بثنية قنا التي تميز جغرافية المحافظة.